Журнал LinuxFormat - перейти на главную

LXF160:Кластеры Beowulf

Материал из Linuxformat
(Различия между версиями)
Перейти к: навигация, поиск
(Новая страница: «Категория: Учебники Категория: Компьютер '''Су­пер­ком­пь­ю­те­ры. При­сое­ди­няй…»)
 
(→‎Кла­сте­ри­за­ция для всех)
 
Строка 23: Строка 23:
 
У нас мо­жет быть кла­стер об­ра­бот­ки дан­ных, или вы­чис­ли­тель­ный кла­стер. Он ис­поль­зу­ет цик­лы про­стоя про­цес­со­ров на ка­ж­дом уз­ле для вы­полнения вы­чис­лений или мо­де­ли­ро­вания. По­следним мы и зай­мем­ся да­лее, за­пустив его по­верх на­шей локаль­ной се­ти и ис­поль­зуя доступ­ные нам ре­сур­сы. По­доб­ная ар­хи­тек­ту­ра так­же из­вест­на как кла­стер Бе­о­вульф.
 
У нас мо­жет быть кла­стер об­ра­бот­ки дан­ных, или вы­чис­ли­тель­ный кла­стер. Он ис­поль­зу­ет цик­лы про­стоя про­цес­со­ров на ка­ж­дом уз­ле для вы­полнения вы­чис­лений или мо­де­ли­ро­вания. По­следним мы и зай­мем­ся да­лее, за­пустив его по­верх на­шей локаль­ной се­ти и ис­поль­зуя доступ­ные нам ре­сур­сы. По­доб­ная ар­хи­тек­ту­ра так­же из­вест­на как кла­стер Бе­о­вульф.
  
−
Folding@Home
+
===Folding@Home===
  
 
Folding@Home, или FAH, су­ще­ст­ву­ет несколь­ко лет. С по­мо­щью рас­пре­де­лен­ных вы­чис­лений про­ект по­мо­га­ет по­нять, как мо­ле­ку­лы бел­ка свер­ты­ва­ют­ся, ре­на­ту­ри­ру­ют и вы­зы­ва­ют за­бо­ле­вания. Уча­стие в этом про­ек­те по­зво­ля­ет уче­ным про­яснить те­чение син­дро­мов Альц­гей­ме­ра, Хан­тинг­то­на и Пар­кин­со­на и, бу­дем на­де­ять­ся, оп­ре­де­лить ме­ханизм ле­чения. Ес­ли вам ин­те­рес­ны под­роб­но­сти, зай­ди­те на http://folding.stanford.edu/English/HomePage и про­чти­те текст о нау­ке, стоя­щей за этим ПО.
 
Folding@Home, или FAH, су­ще­ст­ву­ет несколь­ко лет. С по­мо­щью рас­пре­де­лен­ных вы­чис­лений про­ект по­мо­га­ет по­нять, как мо­ле­ку­лы бел­ка свер­ты­ва­ют­ся, ре­на­ту­ри­ру­ют и вы­зы­ва­ют за­бо­ле­вания. Уча­стие в этом про­ек­те по­зво­ля­ет уче­ным про­яснить те­чение син­дро­мов Альц­гей­ме­ра, Хан­тинг­то­на и Пар­кин­со­на и, бу­дем на­де­ять­ся, оп­ре­де­лить ме­ханизм ле­чения. Ес­ли вам ин­те­рес­ны под­роб­но­сти, зай­ди­те на http://folding.stanford.edu/English/HomePage и про­чти­те текст о нау­ке, стоя­щей за этим ПО.
Строка 29: Строка 29:
 
Конеч­но, кро­ме гу­ман­но­го ас­пек­та здесь есть и иг­ро­вой эле­мент. Ко­ман­ды, «свер­нув­шие» наи­боль­шее ко­ли­че­­ст­во бел­ков, по­па­да­ют в чар­ты. Мы с на­шим кла­сте­ром не стре­мим­ся по­пасть на вер­ши­ну чар­тов, мы про­сто хо­тим немно­го по­рез­вить­ся с су­пер­ком­пь­ю­те­ра­ми и по­мочь про­ек­ту FAH. Для это­го мы соз­да­ли Ко­ман­ду свер­ты­вания бел­ков Linux Format (Linux Format Folding Team), или LXFFT, под но­ме­ром 217805, и ею мы восполь­зу­ем­ся на на­шем уро­ке.
 
Конеч­но, кро­ме гу­ман­но­го ас­пек­та здесь есть и иг­ро­вой эле­мент. Ко­ман­ды, «свер­нув­шие» наи­боль­шее ко­ли­че­­ст­во бел­ков, по­па­да­ют в чар­ты. Мы с на­шим кла­сте­ром не стре­мим­ся по­пасть на вер­ши­ну чар­тов, мы про­сто хо­тим немно­го по­рез­вить­ся с су­пер­ком­пь­ю­те­ра­ми и по­мочь про­ек­ту FAH. Для это­го мы соз­да­ли Ко­ман­ду свер­ты­вания бел­ков Linux Format (Linux Format Folding Team), или LXFFT, под но­ме­ром 217805, и ею мы восполь­зу­ем­ся на на­шем уро­ке.
  
−
Пер­вые ша­ги к успе­ху кла­сте­ра
+
===Пер­вые ша­ги к успе­ху кла­сте­ра===
  
 
За­гляните во врез­ку «Что нам на­до»; мы пред­по­ла­га­ем, что у вас уже есть два ком­пь­ю­те­ра и локаль­ная сеть. Без них соз­дание кла­сте­ра мо­жет усложнить­ся. Мы так­же уточнили, что сеть долж­на быть про­вод­ной, так как не уве­ре­ны, что опе­ра­ци­он­ная сис­те­ма BCCD под­дер­жит все функ­ции всех бес­про­вод­ных уст­ройств, ко­то­рые мо­гут у вас ока­зать­ся. Хо­тя боль­шин­ст­во ди­ст­ри­бу­ти­вов Linux хо­ро­шо под­дер­жи­ва­ют бес­про­вод­ные се­ти, луч­ше восполь­зо­вать­ся про­вод­ной, чем остать­ся без кла­сте­ра.
 
За­гляните во врез­ку «Что нам на­до»; мы пред­по­ла­га­ем, что у вас уже есть два ком­пь­ю­те­ра и локаль­ная сеть. Без них соз­дание кла­сте­ра мо­жет усложнить­ся. Мы так­же уточнили, что сеть долж­на быть про­вод­ной, так как не уве­ре­ны, что опе­ра­ци­он­ная сис­те­ма BCCD под­дер­жит все функ­ции всех бес­про­вод­ных уст­ройств, ко­то­рые мо­гут у вас ока­зать­ся. Хо­тя боль­шин­ст­во ди­ст­ри­бу­ти­вов Linux хо­ро­шо под­дер­жи­ва­ют бес­про­вод­ные се­ти, луч­ше восполь­зо­вать­ся про­вод­ной, чем остать­ся без кла­сте­ра.
Строка 39: Строка 39:
 
По­кон­чив с за­пи­сью (мы восполь­зо­ва­лись брел­ка­ми), вклю­чите свой пер­вый ком­пь­ю­тер, или глав­ный узел, как мы бу­дем его на­зы­вать, от­крой­те ме­ню за­груз­ки ПК, обыч­но кла­ви­шей F12 или по­хо­жей, и вы­бе­ри­те но­си­тель, с ко­то­ро­го нуж­но за­гру­жать­ся. Это Live-об­раз, и он не по­влия­ет на дан­ные, хранимые на же­ст­ком дис­ке – но, как и в боль­шин­ст­ве та­ких слу­ча­ев, луч­ше сде­лать ре­зерв­ную ко­пию.
 
По­кон­чив с за­пи­сью (мы восполь­зо­ва­лись брел­ка­ми), вклю­чите свой пер­вый ком­пь­ю­тер, или глав­ный узел, как мы бу­дем его на­зы­вать, от­крой­те ме­ню за­груз­ки ПК, обыч­но кла­ви­шей F12 или по­хо­жей, и вы­бе­ри­те но­си­тель, с ко­то­ро­го нуж­но за­гру­жать­ся. Это Live-об­раз, и он не по­влия­ет на дан­ные, хранимые на же­ст­ком дис­ке – но, как и в боль­шин­ст­ве та­ких слу­ча­ев, луч­ше сде­лать ре­зерв­ную ко­пию.
  
−
За­груз­ка глав­но­го уз­ла
+
===За­груз­ка глав­но­го уз­ла===
  
 
Во вре­мя за­груз­ки BCCD за­даст несколь­ко во­про­сов; пер­вым из них бу­дет пред­ло­жение на­жать Enter для за­груз­ки. Ес­ли при по­яв­лении за­став­ки BCCD это­го не про­ис­хо­дит, не вол­нуй­тесь, это за­груз­чик Unetbootin (или что-то по­хо­жее) пе­ре­хва­ты­ва­ет управ­ление. Ес­ли в вер­ху эк­ра­на есть пин­гви­ны и об­раз за­гру­жа­ет­ся, все хо­ро­шо.
 
Во вре­мя за­груз­ки BCCD за­даст несколь­ко во­про­сов; пер­вым из них бу­дет пред­ло­жение на­жать Enter для за­груз­ки. Ес­ли при по­яв­лении за­став­ки BCCD это­го не про­ис­хо­дит, не вол­нуй­тесь, это за­груз­чик Unetbootin (или что-то по­хо­жее) пе­ре­хва­ты­ва­ет управ­ление. Ес­ли в вер­ху эк­ра­на есть пин­гви­ны и об­раз за­гру­жа­ет­ся, все хо­ро­шо.
Строка 45: Строка 45:
 
За­тем бу­дет за­про­шен па­роль (имя хоста за­пол­ня­ет­ся ав­то­ма­ти­че­­ски). Про­сто на­жи­ма­ем Enter, что­бы оста­вить его пустым (мы сде­ла­ли так на обо­их ком­пь­ю­те­рах); по­следнее, что нам нуж­но – что­бы па­ро­ли не сов­па­ли из-за невер­но на­пе­ча­тан­но­го сло­ва, по­это­му на­жми­те Enter для за­дания пусто­го па­ро­ля и еще раз – для под­твер­ждения (см. рис. 1).
 
За­тем бу­дет за­про­шен па­роль (имя хоста за­пол­ня­ет­ся ав­то­ма­ти­че­­ски). Про­сто на­жи­ма­ем Enter, что­бы оста­вить его пустым (мы сде­ла­ли так на обо­их ком­пь­ю­те­рах); по­следнее, что нам нуж­но – что­бы па­ро­ли не сов­па­ли из-за невер­но на­пе­ча­тан­но­го сло­ва, по­это­му на­жми­те Enter для за­дания пусто­го па­ро­ля и еще раз – для под­твер­ждения (см. рис. 1).
  
−
Сеть
+
===Сеть===
  
 
Ес­ли сис­те­ма BCCD рас­по­зна­ет се­те­вую кар­ту в ва­шей сис­те­ме, сле­дую­щий во­прос бу­дет про­стым: «Это ваш се­те­вой ад­рес от DHCP (обыч­но, от мар­шру­ти­за­то­ра), при­нять? [this is your network address from the DHCP (usually your router), do you accept?]». От­вет в об­щем слу­чае – да, так как здесь мы не хо­тим слиш­ком мно­го во­зить­ся с се­те­вы­ми на­строй­ка­ми BCCD. Про­сто на­жми­те Enter на от­ве­те «да [yes]», и за­груз­ка про­дол­жит­ся. См. рис. 2.
 
Ес­ли сис­те­ма BCCD рас­по­зна­ет се­те­вую кар­ту в ва­шей сис­те­ме, сле­дую­щий во­прос бу­дет про­стым: «Это ваш се­те­вой ад­рес от DHCP (обыч­но, от мар­шру­ти­за­то­ра), при­нять? [this is your network address from the DHCP (usually your router), do you accept?]». От­вет в об­щем слу­чае – да, так как здесь мы не хо­тим слиш­ком мно­го во­зить­ся с се­те­вы­ми на­строй­ка­ми BCCD. Про­сто на­жми­те Enter на от­ве­те «да [yes]», и за­груз­ка про­дол­жит­ся. См. рис. 2.
  
−
Ра­бо­чий стол BCCD
+
===Ра­бо­чий стол BCCD===
  
 
Вслед за этим дол­жен поя­вить­ся ра­бо­чий стол BCCD. Ес­ли это­го не про­ис­хо­дит и вы остае­тесь в тек­сто­вом ре­жи­ме, при­чи­на, воз­мож­но, в том, что не уда­лось за­гру­зить X-сер­вер; в этом слу­чае на­бе­ри­те startx и по­до­ж­ди­те, по­ка ра­бо­чий стол за­гру­зит­ся. Ес­ли все прой­дет успеш­но, вы уви­дите на экране нечто вроде рис. 3.
 
Вслед за этим дол­жен поя­вить­ся ра­бо­чий стол BCCD. Ес­ли это­го не про­ис­хо­дит и вы остае­тесь в тек­сто­вом ре­жи­ме, при­чи­на, воз­мож­но, в том, что не уда­лось за­гру­зить X-сер­вер; в этом слу­чае на­бе­ри­те startx и по­до­ж­ди­те, по­ка ра­бо­чий стол за­гру­зит­ся. Ес­ли все прой­дет успеш­но, вы уви­дите на экране нечто вроде рис. 3.
  
−
Про­по­ло­щем, по­сти­ра­ем, по­вто­рим
+
===Про­по­ло­щем, по­сти­ра­ем, по­вто­рим===
  
 
От­лич­но, пер­вый барь­ер пре­одо­лен. Ос­тавь­те пер­вый ком­пь­ю­тер и пе­рей­ди­те ко вто­ро­му, он же – узел 2. По­вто­ри­те те же дей­ст­вия: пустой па­роль и т. д. Се­те­вая кар­та долж­на по­лу­чить дру­гой IP-ад­рес (ес­ли нет, пе­ре­за­гру­зи­тесь и по­про­буй­те сно­ва), и че­рез ми­ну­ту или две вы долж­ны смот­реть на два оди­на­ко­вых ра­бо­чих сто­ла BCCD.
 
От­лич­но, пер­вый барь­ер пре­одо­лен. Ос­тавь­те пер­вый ком­пь­ю­тер и пе­рей­ди­те ко вто­ро­му, он же – узел 2. По­вто­ри­те те же дей­ст­вия: пустой па­роль и т. д. Се­те­вая кар­та долж­на по­лу­чить дру­гой IP-ад­рес (ес­ли нет, пе­ре­за­гру­зи­тесь и по­про­буй­те сно­ва), и че­рез ми­ну­ту или две вы долж­ны смот­реть на два оди­на­ко­вых ра­бо­чих сто­ла BCCD.
  
−
Соз­дание кла­сте­ра
+
===Соз­дание кла­сте­ра===
  
 
Пре­ж­де чем на­чать сме­ять­ся злоб­ным сме­хом и гла­дить бе­лую кош­ку, на­бе­рем несколь­ко команд, с целью убе­дить­ся, что два ком­пь­ю­те­ра мо­гут свя­зать­ся друг с дру­гом и кла­стер бу­дет ра­бо­тать. На глав­ном уз­ле в верхнем окне Тер­ми­нал [Terminal] RXVT (с чер­ным фо­ном) вве­ди­те сле­дую­щие ко­ман­ды:
 
Пре­ж­де чем на­чать сме­ять­ся злоб­ным сме­хом и гла­дить бе­лую кош­ку, на­бе­рем несколь­ко команд, с целью убе­дить­ся, что два ком­пь­ю­те­ра мо­гут свя­зать­ся друг с дру­гом и кла­стер бу­дет ра­бо­тать. На глав­ном уз­ле в верхнем окне Тер­ми­нал [Terminal] RXVT (с чер­ным фо­ном) вве­ди­те сле­дую­щие ко­ман­ды:
Строка 77: Строка 77:
 
и на­жми­те Enter.
 
и на­жми­те Enter.
  
−
Раз­во­ра­чи­ва­ем FAH
+
===Раз­во­ра­чи­ва­ем FAH===
  
 
Ос­во­ить FAH нетруд­но. Несмотря на то, что последняя вер­сия – 7, мы восполь­зу­ем­ся вер­си­ей 6, так как она уж точ­но ра­бо­та­ет с BCCD. На глав­ном уз­ле вве­ди­те сле­дую­щую ко­ман­ду в окне тер­ми­на­ла:
 
Ос­во­ить FAH нетруд­но. Несмотря на то, что последняя вер­сия – 7, мы восполь­зу­ем­ся вер­си­ей 6, так как она уж точ­но ра­бо­та­ет с BCCD. На глав­ном уз­ле вве­ди­те сле­дую­щую ко­ман­ду в окне тер­ми­на­ла:
Строка 113: Строка 113:
 
Дру­ги­ми сло­ва­ми, она нуж­на нам за­тем, что­бы FAH ис­поль­зо­вал про­цес­со­ры на обо­их ком­пь­ю­те­рах так, как ес­ли бы он ра­бо­тал на од­ном ком­пь­ю­те­ре. На са­мом де­ле это очень слож­но. MPI управ­ля­ет вво­дом и вы­во­дом дан­ных и га­ран­ти­ру­ет, что они вер­ны и в них нет оши­бок; это неза­менимо для про­грам­мы вроде FAH.
 
Дру­ги­ми сло­ва­ми, она нуж­на нам за­тем, что­бы FAH ис­поль­зо­вал про­цес­со­ры на обо­их ком­пь­ю­те­рах так, как ес­ли бы он ра­бо­тал на од­ном ком­пь­ю­те­ре. На са­мом де­ле это очень слож­но. MPI управ­ля­ет вво­дом и вы­во­дом дан­ных и га­ран­ти­ру­ет, что они вер­ны и в них нет оши­бок; это неза­менимо для про­грам­мы вроде FAH.
  
−
Ра­бо­тай, MPI, ра­бо­тай
+
===Ра­бо­тай, MPI, ра­бо­тай===
  
 
Ес­ли про­сто за­пустить FAH на глав­ном уз­ле, то кли­ент бу­дет принимать па­ке­ты и об­ра­ба­ты­вать их, но без по­мо­щи вто­ро­го уз­ла. Те­перь нам нуж­но со­об­щить глав­но­му уз­лу, что он бу­дет за­пускать кли­ент FAH в кла­сте­ре из двух уже иден­ти­фи­ци­ро­ван­ных уз­лов (са­мо­го се­бя и уз­ла 2) в со­от­вет­ст­вии с фай­лом machines, так что ему бу­дут доступ­ны вы­чис­ли­тель­ная мощ­ность и ре­зуль­та­ты об­ра­бот­ки с обо­их ком­пь­ю­те­ров. Не спешите пу­гаться – это значи­тельно про­ще, чем ка­жет­ся.
 
Ес­ли про­сто за­пустить FAH на глав­ном уз­ле, то кли­ент бу­дет принимать па­ке­ты и об­ра­ба­ты­вать их, но без по­мо­щи вто­ро­го уз­ла. Те­перь нам нуж­но со­об­щить глав­но­му уз­лу, что он бу­дет за­пускать кли­ент FAH в кла­сте­ре из двух уже иден­ти­фи­ци­ро­ван­ных уз­лов (са­мо­го се­бя и уз­ла 2) в со­от­вет­ст­вии с фай­лом machines, так что ему бу­дут доступ­ны вы­чис­ли­тель­ная мощ­ность и ре­зуль­та­ты об­ра­бот­ки с обо­их ком­пь­ю­те­ров. Не спешите пу­гаться – это значи­тельно про­ще, чем ка­жет­ся.
Строка 129: Строка 129:
 
Эта ко­ман­да про­сит MPI за­пустить­ся и за­гля­нуть в фай­лы machines для оп­ре­де­ления ак­тив­ных уз­лов. Ключ –np 6 со­об­ща­ет MPI, что ис­пол­няе­мая ко­ман­да долж­на ис­поль­зо­вать шесть про­цес­со­ров. Ка­та­лог /tmp – вре­мен­ный, он ис­поль­зу­ет­ся при син­хрониза­ции. Часть ./fah6 -verbosity – ис­пол­няе­мый файл, ко­то­рый за­пуска­ет FAH. На­жми­те Enter, и вы долж­ны уви­деть ок­но, по­ка­зан­ное на рис. 6.
 
Эта ко­ман­да про­сит MPI за­пустить­ся и за­гля­нуть в фай­лы machines для оп­ре­де­ления ак­тив­ных уз­лов. Ключ –np 6 со­об­ща­ет MPI, что ис­пол­няе­мая ко­ман­да долж­на ис­поль­зо­вать шесть про­цес­со­ров. Ка­та­лог /tmp – вре­мен­ный, он ис­поль­зу­ет­ся при син­хрониза­ции. Часть ./fah6 -verbosity – ис­пол­няе­мый файл, ко­то­рый за­пуска­ет FAH. На­жми­те Enter, и вы долж­ны уви­деть ок­но, по­ка­зан­ное на рис. 6.
  
−
Кла­стер бла­го­деяний
+
===Кла­стер бла­го­деяний===
  
 
Ну вот и все – по­здрав­ляю, вы толь­ко что соз­да­ли свой пер­вый су­пер­ком­пь­ю­тер, или кла­стер. И по­слу­жи­ли на бла­го лю­дям. Ес­ли вы жда­ли за­вы­вания си­рен и де­сантников в масках, вры­ваю­щихся в ком­на­ту че­рез ок­но – про­сти­те, что раз­оча­ро­вал. Щелк­нув пра­вой кноп­кой мы­ши на ра­бо­чем сто­ле ка­ж­до­го уз­ла, вы мо­же­те от­крыть ути­ли­ты X и в них Xload; так вы по­лу­чи­те ба­зо­вую ин­фор­ма­цию по за­груз­ке про­цес­со­ра.
 
Ну вот и все – по­здрав­ляю, вы толь­ко что соз­да­ли свой пер­вый су­пер­ком­пь­ю­тер, или кла­стер. И по­слу­жи­ли на бла­го лю­дям. Ес­ли вы жда­ли за­вы­вания си­рен и де­сантников в масках, вры­ваю­щихся в ком­на­ту че­рез ок­но – про­сти­те, что раз­оча­ро­вал. Щелк­нув пра­вой кноп­кой мы­ши на ра­бо­чем сто­ле ка­ж­до­го уз­ла, вы мо­же­те от­крыть ути­ли­ты X и в них Xload; так вы по­лу­чи­те ба­зо­вую ин­фор­ма­цию по за­груз­ке про­цес­со­ра.
Строка 139: Строка 139:
 
По­смот­ри­те на раз­лич­ные пред­став­ления – они долж­ны дать вам приблизительное понятие о про­ис­хо­дящих там процессах.
 
По­смот­ри­те на раз­лич­ные пред­став­ления – они долж­ны дать вам приблизительное понятие о про­ис­хо­дящих там процессах.
  
−
Ос­таль­ное – за ва­ми: как да­ле­ко вы намерены зай­ти в этом про­ек­те? Есть ли у вас дру­гие ком­пь­ю­те­ры, ко­то­рые мож­но до­ба­вить в кла­стер? Что бы вы ни ре­ши­ли, помните, что здесь мы толь­ко косну­лись по­верх­но­сти, по­это­му дви­гай­тесь даль­ше и учреждай­те кла­сте­ры во славу Linux Format. |
+
Ос­таль­ное – за ва­ми: как да­ле­ко вы намерены зай­ти в этом про­ек­те? Есть ли у вас дру­гие ком­пь­ю­те­ры, ко­то­рые мож­но до­ба­вить в кла­стер? Что бы вы ни ре­ши­ли, помните, что здесь мы толь­ко косну­лись по­верх­но­сти, по­это­му дви­гай­тесь даль­ше и учреждай­те кла­сте­ры во славу Linux Format.
 +
====Кла­стер по име­ни...====
 +
 
 +
 
 +
BCCD – не един­ст­вен­ная кла­стер­ная сис­те­ма. На по­ис­ки в се­ти мож­но по­тра­тить це­лый день, но что­бы вы не слиш­ком на­пря­га­ли гла­за, вот еще не­сколь­ко:
 +
 
 +
> Clusterknoppix
 +
 
 +
> Quantian
 +
 
 +
> Pelican HPC
 +
 
 +
> Parallel Knoppix
 +
 
 +
Од­ни кла­сте­ры луч­ше, дру­гие ху­же, но обя­за­тель­но прогуляйтесь на их сай­ты и убе­ди­тесь, что про­ек­ты еще жи­вы и раз­ви­ва­ют­ся.
 +
====Рас­пре­де­лен­ные вы­чис­ле­ния====
 +
 
 +
Ес­ли вам почeму-ли­бо не нра­вит­ся FAH или вы не со­глас­ны с ним, вот крат­кий спи­сок дру­гих все­мир­ных про­ек­тов па­рал­лель­ных вы­чис­ле­ний:
 +
 
 +
> SETI@Home – по­иск вне­зем­ных ци­ви­ли­за­ций с SETI.
 +
 
 +
> Docking@home – мо­дель до­кин­га (сты­ков­ки) мо­ле­кул бел­ка.
 +
 
 +
> GPUGRIP.net – про­во­дит пол­ное атом­но-мо­ле­ку­ляр­ное био­мо­де­ли­ро­ва­ние с кар­та­ми на ба­зе CUDA [раз­ра­бо­тан­ная ком­па­ни­ей NVIDIA про­грамм­но-ап­па­рат­ная ар­хи­тек­ту­ра, по­зво­ляю­щая про­из­во­дить вы­чис­ле­ния с при­ме­не­ни­ем гра­фи­че­ских про­цес­со­ров NVIDIA и тех­но­ло­гии GPGPU (про­из­воль­ных вы­чис­ле­ний на ви­део­кар­тах), – прим. пер.].
 +
 
 +
> Climateprediction.net – пред­при­ни­ма­ет по­пыт­ку су­зить об­ласть не­оп­ре­де­лен­но­сти кли­ма­ти­че­ских мо­де­лей.
 +
 
 +
> AQUA@home – ис­поль­зу­ет Quantum Monte Cairo для пред­ска­за­ния про­из­во­ди­тель­но­сти сверх­про­вод­ни­ко­вых адиа­ба­ти­че­ских кван­то­вых ком­пь­ю­те­ров. Кхе...
 +
 
 +
> Einstein@home – к со­жа­ле­нию, не мо­дель са­мо­го ге­ния в натуральную величину, а по­иск гра­ви­та­ци­он­ных волн.
 +
 
 +
Про­ек­тами буквально полнится Интернет – уве­рен, вам удастся най­ти что-нибудь для се­бя.|

Текущая версия на 04:50, 30 сентября 2018

Подписка на печатную версию
Весь 2015 год (12 номеров)
Первое полугодие (6 номеров)
Второе полугодие (6 номеров)
Подписка на электронную версию
Весь 2015 год (12 номеров)
Первое полугодие (6 номеров)
Второе полугодие (6 номеров)
Подшивки старых номеров журнала (печатные версии)
Весь 2014 год (12 номеров)
Первое полугодие (6 номеров)
Второе полугодие (6 номеров)


Су­пер­ком­пь­ю­те­ры. При­сое­ди­няй­тесь к LXF в ми­ро­вом гос­под­стве... или к Folding@home

Содержание

[править] Соз­да­ем свой су­пер­ком­пь­ю­тер

Мы в LXF лю­бим су­пер­ком­пь­ю­те­ры и све­рты­вание бе­лка, так по­че­му бы не объ­е­ди­нить это вме­сте в су­пер-­ру­ко­вод­ст­ве от Дэ­ви­да Хей­вор­да?

(thumbnail)
Наш эксперт. Дэ­ви­да Хей­вор­да вы­рас­ти­ли тю­ле­ни, при­род­ные вра­ги пин­гви­нов, но это от­нюдь не ме­ша­ло ему лю­бить Linux.

Что та­кое су­пер­ком­пь­ю­тер? Не мо­но­лит­ное ли это чу­до­ви­ще, гу­дя­щее в по­тай­ной сер­вер­ной с кон­ди­ционером? Или, когда вы слы­ши­те это сло­во, на ум при­хо­дят ком­пь­ю­те­ры из «Во­ен­ных игр» или «Су­пер­ме­на 3»? Ныне тер­мин «су­пер­ком­пь­ю­тер» оз­на­ча­ет про­сто груп­пу про­цес­со­ров, па­рал­лель­но ра­бо­таю­щих над вы­полнением лю­бой по­став­лен­ной за­да­чи. Со­вре­мен­ный су­пер­ком­пь­ю­тер – про­сто на­бор оп­ре­де­лен­ным об­ра­зом на­стро­ен­ных ком­пь­ю­те­ров (уз­лов кла­сте­ра), иногда со спе­циа­ли­зи­ро­ван­ной опе­ра­ци­он­ной сис­те­мой или на­бо­ром про­грамм для па­рал­лель­ной об­ра­бот­ки дан­ных.

[править] Кла­сте­ри­за­ция для всех

Конеч­но, на са­мом де­ле все немно­го сложнее, но за­бе­рись мы в деб­ри су­пер­ком­пь­ю­те­ров и кла­сте­ри­за­ции, на рас­сказ ушел бы весь день; по­это­му не бу­дем. Обыч­но мы пред­став­ля­ем се­бе су­пер­ком­пь­ю­те­ры (или кла­сте­ры, как мы бу­дем на­зы­вать их да­лее) как что-то недоступ­ное нам, про­стым смерт­ным, и при­над­ле­жа­щее по­лу­бо­гам IT, чья ра­бо­та – оби­тать в тем­ных угол­ках сер­вер­ных ком­нат, спря­тан­ных глу­бо­ко во внут­рен­но­стях ог­ром­ных кор­по­ра­ций, кор­мить кла­сте­ры и удов­ле­тво­рять их по­треб­но­сти.

На са­мом де­ле все со­всем не так, по крайней ме­ре, в основ­ном, но до са­мых недавних пор кла­сте­ри­за­ция бы­ла недоступ­на обыч­ным лю­дям. С по­яв­лением Linux и бес­плат­ных от­кры­тых опе­ра­ци­он­ных сис­тем ка­ж­дый, у ко­го есть немно­го знаний и по мень­шей ме­ре па­ра ком­пь­ю­те­ров, мо­жет успеш­но соз­дать кла­стер и поль­зо­вать­ся им поч­ти так же, как это де­ла­ют в NASA. Кла­сте­ры мож­но при­ме­нять для ре­шения мно­гих по­все­днев­ных за­дач, сто­ит толь­ко за­хо­теть. В кла­сте­рах вы­со­кой доступ­но­сти HA (High Availability) есть из­бы­точ­ные уз­лы, вво­ди­мые в дей­ст­вие, ес­ли дру­гой узел вы­хо­дит из строя. Они ис­поль­зу­ют­ся в основ­ном для ра­бо­чих це­лей, но вы мо­же­те поль­зо­вать­ся ими и до­ма, на­при­мер, для за­пуска web-хостин­га.

У вас мо­жет быть кла­стер хранения фай­лов, ко­то­рый пре­достав­ля­ет дис­ко­вое про­стран­ст­во для ис­поль­зо­вания несколь­ки­ми ком­пь­ю­те­ра­ми че­рез сеть – до­ма его мож­но ис­поль­зо­вать как сер­вер муль­ти­ме­диа. Эта идея ле­жит в осно­ве мно­гих по­пу­ляр­ных об­лач­ных сер­ви­сов.

У нас мо­жет быть кла­стер об­ра­бот­ки дан­ных, или вы­чис­ли­тель­ный кла­стер. Он ис­поль­зу­ет цик­лы про­стоя про­цес­со­ров на ка­ж­дом уз­ле для вы­полнения вы­чис­лений или мо­де­ли­ро­вания. По­следним мы и зай­мем­ся да­лее, за­пустив его по­верх на­шей локаль­ной се­ти и ис­поль­зуя доступ­ные нам ре­сур­сы. По­доб­ная ар­хи­тек­ту­ра так­же из­вест­на как кла­стер Бе­о­вульф.

[править] Folding@Home

Folding@Home, или FAH, су­ще­ст­ву­ет несколь­ко лет. С по­мо­щью рас­пре­де­лен­ных вы­чис­лений про­ект по­мо­га­ет по­нять, как мо­ле­ку­лы бел­ка свер­ты­ва­ют­ся, ре­на­ту­ри­ру­ют и вы­зы­ва­ют за­бо­ле­вания. Уча­стие в этом про­ек­те по­зво­ля­ет уче­ным про­яснить те­чение син­дро­мов Альц­гей­ме­ра, Хан­тинг­то­на и Пар­кин­со­на и, бу­дем на­де­ять­ся, оп­ре­де­лить ме­ханизм ле­чения. Ес­ли вам ин­те­рес­ны под­роб­но­сти, зай­ди­те на http://folding.stanford.edu/English/HomePage и про­чти­те текст о нау­ке, стоя­щей за этим ПО.

Конеч­но, кро­ме гу­ман­но­го ас­пек­та здесь есть и иг­ро­вой эле­мент. Ко­ман­ды, «свер­нув­шие» наи­боль­шее ко­ли­че­­ст­во бел­ков, по­па­да­ют в чар­ты. Мы с на­шим кла­сте­ром не стре­мим­ся по­пасть на вер­ши­ну чар­тов, мы про­сто хо­тим немно­го по­рез­вить­ся с су­пер­ком­пь­ю­те­ра­ми и по­мочь про­ек­ту FAH. Для это­го мы соз­да­ли Ко­ман­ду свер­ты­вания бел­ков Linux Format (Linux Format Folding Team), или LXFFT, под но­ме­ром 217805, и ею мы восполь­зу­ем­ся на на­шем уро­ке.

[править] Пер­вые ша­ги к успе­ху кла­сте­ра

За­гляните во врез­ку «Что нам на­до»; мы пред­по­ла­га­ем, что у вас уже есть два ком­пь­ю­те­ра и локаль­ная сеть. Без них соз­дание кла­сте­ра мо­жет усложнить­ся. Мы так­же уточнили, что сеть долж­на быть про­вод­ной, так как не уве­ре­ны, что опе­ра­ци­он­ная сис­те­ма BCCD под­дер­жит все функ­ции всех бес­про­вод­ных уст­ройств, ко­то­рые мо­гут у вас ока­зать­ся. Хо­тя боль­шин­ст­во ди­ст­ри­бу­ти­вов Linux хо­ро­шо под­дер­жи­ва­ют бес­про­вод­ные се­ти, луч­ше восполь­зо­вать­ся про­вод­ной, чем остать­ся без кла­сте­ра.

Сле­дую­щий пункт в спи­ске – эк­зем­п­ляр ISO BCCD. BCCD, со­кра­щение от Bootable Cluster CD [За­гру­зоч­ный диск кла­сте­ра]; это об­раз Knoppix Linux, по­став­ляе­мый с го­то­вы­ми сис­те­ма­ми рас­пре­де­лен­ных вы­чис­лений.

Возь­ми­те ISO-об­раз с на­ше­го дис­ка или за­гру­зи­те его с bit.ly/oOtbcO. Мы восполь­зо­ва­лись 32-бит­ным об­ра­зом вер­сии 3.x. За­пи­ши­те об­раз на несколь­ко дис­ков с по­мо­щью сво­ей лю­би­мой про­грам­мы или на несколь­ко USB-брел­ков с по­мо­щью Unetbootin. По­че­му на несколь­ко? Ну, вы ведь хо­ти­те за­пускать это не на од­ном ком­пь­ю­те­ре, прав­да?

По­кон­чив с за­пи­сью (мы восполь­зо­ва­лись брел­ка­ми), вклю­чите свой пер­вый ком­пь­ю­тер, или глав­ный узел, как мы бу­дем его на­зы­вать, от­крой­те ме­ню за­груз­ки ПК, обыч­но кла­ви­шей F12 или по­хо­жей, и вы­бе­ри­те но­си­тель, с ко­то­ро­го нуж­но за­гру­жать­ся. Это Live-об­раз, и он не по­влия­ет на дан­ные, хранимые на же­ст­ком дис­ке – но, как и в боль­шин­ст­ве та­ких слу­ча­ев, луч­ше сде­лать ре­зерв­ную ко­пию.

[править] За­груз­ка глав­но­го уз­ла

Во вре­мя за­груз­ки BCCD за­даст несколь­ко во­про­сов; пер­вым из них бу­дет пред­ло­жение на­жать Enter для за­груз­ки. Ес­ли при по­яв­лении за­став­ки BCCD это­го не про­ис­хо­дит, не вол­нуй­тесь, это за­груз­чик Unetbootin (или что-то по­хо­жее) пе­ре­хва­ты­ва­ет управ­ление. Ес­ли в вер­ху эк­ра­на есть пин­гви­ны и об­раз за­гру­жа­ет­ся, все хо­ро­шо.

За­тем бу­дет за­про­шен па­роль (имя хоста за­пол­ня­ет­ся ав­то­ма­ти­че­­ски). Про­сто на­жи­ма­ем Enter, что­бы оста­вить его пустым (мы сде­ла­ли так на обо­их ком­пь­ю­те­рах); по­следнее, что нам нуж­но – что­бы па­ро­ли не сов­па­ли из-за невер­но на­пе­ча­тан­но­го сло­ва, по­это­му на­жми­те Enter для за­дания пусто­го па­ро­ля и еще раз – для под­твер­ждения (см. рис. 1).

[править] Сеть

Ес­ли сис­те­ма BCCD рас­по­зна­ет се­те­вую кар­ту в ва­шей сис­те­ме, сле­дую­щий во­прос бу­дет про­стым: «Это ваш се­те­вой ад­рес от DHCP (обыч­но, от мар­шру­ти­за­то­ра), при­нять? [this is your network address from the DHCP (usually your router), do you accept?]». От­вет в об­щем слу­чае – да, так как здесь мы не хо­тим слиш­ком мно­го во­зить­ся с се­те­вы­ми на­строй­ка­ми BCCD. Про­сто на­жми­те Enter на от­ве­те «да [yes]», и за­груз­ка про­дол­жит­ся. См. рис. 2.

[править] Ра­бо­чий стол BCCD

Вслед за этим дол­жен поя­вить­ся ра­бо­чий стол BCCD. Ес­ли это­го не про­ис­хо­дит и вы остае­тесь в тек­сто­вом ре­жи­ме, при­чи­на, воз­мож­но, в том, что не уда­лось за­гру­зить X-сер­вер; в этом слу­чае на­бе­ри­те startx и по­до­ж­ди­те, по­ка ра­бо­чий стол за­гру­зит­ся. Ес­ли все прой­дет успеш­но, вы уви­дите на экране нечто вроде рис. 3.

[править] Про­по­ло­щем, по­сти­ра­ем, по­вто­рим

От­лич­но, пер­вый барь­ер пре­одо­лен. Ос­тавь­те пер­вый ком­пь­ю­тер и пе­рей­ди­те ко вто­ро­му, он же – узел 2. По­вто­ри­те те же дей­ст­вия: пустой па­роль и т. д. Се­те­вая кар­та долж­на по­лу­чить дру­гой IP-ад­рес (ес­ли нет, пе­ре­за­гру­зи­тесь и по­про­буй­те сно­ва), и че­рез ми­ну­ту или две вы долж­ны смот­реть на два оди­на­ко­вых ра­бо­чих сто­ла BCCD.

[править] Соз­дание кла­сте­ра

Пре­ж­де чем на­чать сме­ять­ся злоб­ным сме­хом и гла­дить бе­лую кош­ку, на­бе­рем несколь­ко команд, с целью убе­дить­ся, что два ком­пь­ю­те­ра мо­гут свя­зать­ся друг с дру­гом и кла­стер бу­дет ра­бо­тать. На глав­ном уз­ле в верхнем окне Тер­ми­нал [Terminal] RXVT (с чер­ным фо­ном) вве­ди­те сле­дую­щие ко­ман­ды:

bccd-allowall

Эта ко­ман­да со­бе­рет клю­чи SSH хостов, что по­зво­лит об­менивать­ся дан­ны­ми ме­ж­ду дву­мя хоста­ми без вво­да па­ро­лей. Те­перь вве­ди­те ко­ман­ду:

bccd-snarfhosts

Она соз­даст или пе­ре­за­пи­шет файл machines, ис­поль­зуе­мый про­грам­мой MPI – под­робнее о ней чуть поз­же. Сде­лай­те то же са­мое на уз­ле 2; хо­тя в тео­рии это­го не тре­бу­ет­ся, мы об­на­ру­жи­ли. что BCCD луч­ше ра­бо­та­ет с оди­на­ко­вы­ми фай­ла­ми machines. Ес­ли вам ин­те­рес­но, что в этом фай­ле, на­бе­ри­те в окне тер­ми­на­ла глав­но­го уз­ла ко­ман­ду:

vi ~/machines

От­кро­ет­ся тек­сто­вый файл, со­стоя­щий из несколь­ких строк. Пер­вой бу­дет нечто вро­де node000.bccd.net slots=1. Это глав­ный узел – так BCCD иден­ти­фи­ци­ру­ет его в се­ти. Во вто­рой стро­ке бу­дет узел 2, как BCCD иден­ти­фи­ци­ру­ет его в се­ти – node009.bccd.net slots=1. Ес­ли в фай­лах machines од­но и то же, от­лич­но, вы поч­ти у це­ли. Для вы­хо­да из Vi на­бе­ри­те

quit

и на­жми­те Enter.

[править] Раз­во­ра­чи­ва­ем FAH

Ос­во­ить FAH нетруд­но. Несмотря на то, что последняя вер­сия – 7, мы восполь­зу­ем­ся вер­си­ей 6, так как она уж точ­но ра­бо­та­ет с BCCD. На глав­ном уз­ле вве­ди­те сле­дую­щую ко­ман­ду в окне тер­ми­на­ла:

mkdir -p ~/folding

Соз­да­ст­ся ка­та­лог folding с ро­ди­тель­ски­ми ка­та­ло­га­ми (при необ­хо­ди­мо­сти). За­тем вы­полните ко­ман­ду

cd ~/folding

Вы пе­рей­де­те в но­вый ка­та­лог folding. Ко­ман­да

wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.02-Linux.tgz

за­гру­зит кли­ент FAH в 32-бит­ной вер­сии с внеш­не­го сер­ве­ра. Ко­ман­да

tar xzf FAH6.02-Linux.tgz /

рас­па­ку­ет ар­хив и из­вле­чет не­об­хо­ди­мые фай­лы.

Те­перь у нас есть кли­ент, и его нуж­но на­стро­ить для ра­бо­ты в BCCD. Для это­го вве­ди­те сле­дую­щую ко­ман­ду:

chmod +x fah6

Она сде­ла­ет про­грам­му fah6 ис­пол­няе­мой. На­конец, нуж­но сде­лать так, что­бы кли­ент ра­бо­тал с долж­ной ко­ман­дой уча­стников и именем поль­зо­ва­те­ля. Вве­ди­те ко­ман­ду:

./fah6 -configonly

Бу­дет за­пу­ще­на ути­ли­та на­строй­ки кли­ен­та FAH. У вас за­про­сят имя поль­зо­ва­те­ля (не важ­но, что вы вве­де­те, ес­ли у вас его по­ка нет) и ко­ман­ду бойцов, за ко­то­рую вы хо­ти­те «сво­ра­чи­вать» бел­ки – мож­но вы­брать свою соб­ст­вен­ную или при­сое­динить­ся к ко­ман­де Linux Format с но­ме­ром 217805. Ос­таль­ные па­ра­мет­ры луч­ше не ме­нять, по­это­му про­сто на­жми­те Enter. Ес­ли вы осоз­нае­те, что де­лае­те с FAH, за­дай­те те зна­чения, ко­то­рые луч­ше все­го со­от­вет­ст­ву­ют ва­шим по­треб­но­стям.

MPI: ввод и вы­вод

MPI (Message Passing Interface – ин­тер­фейс пе­ре­да­чи со­об­щений) – про­грам­ма, ко­то­рая по­зво­ля­ет про­цес­сам взаи­мо­дей­ст­во­вать друг с дру­гом пу­тем от­прав­ки и прие­ма со­об­щений че­рез сеть. Она ис­поль­зу­ет­ся для про­грам­ми­ро­вания па­рал­лель­ных вы­чис­лений и вы­сту­па­ет в ка­че­­ст­ве по­средника ме­ж­ду мно­ги­ми уз­ла­ми, ко­то­рые по­тен­ци­аль­но мо­гут об­щать­ся друг с дру­гом.

Дру­ги­ми сло­ва­ми, она нуж­на нам за­тем, что­бы FAH ис­поль­зо­вал про­цес­со­ры на обо­их ком­пь­ю­те­рах так, как ес­ли бы он ра­бо­тал на од­ном ком­пь­ю­те­ре. На са­мом де­ле это очень слож­но. MPI управ­ля­ет вво­дом и вы­во­дом дан­ных и га­ран­ти­ру­ет, что они вер­ны и в них нет оши­бок; это неза­менимо для про­грам­мы вроде FAH.

[править] Ра­бо­тай, MPI, ра­бо­тай

Ес­ли про­сто за­пустить FAH на глав­ном уз­ле, то кли­ент бу­дет принимать па­ке­ты и об­ра­ба­ты­вать их, но без по­мо­щи вто­ро­го уз­ла. Те­перь нам нуж­но со­об­щить глав­но­му уз­лу, что он бу­дет за­пускать кли­ент FAH в кла­сте­ре из двух уже иден­ти­фи­ци­ро­ван­ных уз­лов (са­мо­го се­бя и уз­ла 2) в со­от­вет­ст­вии с фай­лом machines, так что ему бу­дут доступ­ны вы­чис­ли­тель­ная мощ­ность и ре­зуль­та­ты об­ра­бот­ки с обо­их ком­пь­ю­те­ров. Не спешите пу­гаться – это значи­тельно про­ще, чем ка­жет­ся.

Пер­вая за­да­ча – син­хронизи­ро­вать ка­та­лог folding с обо­и­ми уз­ла­ми. Для это­го пе­рей­ди­те во вновь соз­дан­ный ка­та­лог folding (на глав­ном уз­ле), на­брав в тер­ми­на­ле: cd ~/folding. Те­ку­щий ка­та­лог мож­но оп­ре­де­лить по стро­ке при­гла­шения. Она долж­на быть bccd@node000:~/folding$, как на рис. 4. Когда вы ока­же­тесь в ка­та­ло­ге FAH, вве­ди­те сле­дую­щую ко­ман­ду (толь­ко на глав­ном уз­ле): bccd-syncdir . ~/machines.

Она соз­даст син­хронизи­руе­мую пап­ку на осно­ве ин­фор­ма­ции из фай­ла machines, это ка­та­лог ~/folding, а иден­ти­фи­ци­ро­ван­ные в кла­сте­ре ком­пь­ю­те­ры, ко­то­рые по­лу­ча­ют доступ к это­му фай­лу – node000 и node009 (глав­ный узел и узел 2). Че­рез па­ру ми­нут на эк­ране долж­но поя­вить­ся ок­но, по­ка­зан­ное на рис. 5.

За­пи­ши­те вре­мен­ный ка­та­лог, ис­поль­зо­ван­ный при син­хрониза­ции, в дан­ном слу­чае это /tmp/node000-bccd. Он по­на­до­бит­ся нам на сле­дую­щем ша­ге. За­тем на­жми­те OK для воз­вра­та в тер­ми­нал. Син­хрониза­ция на­строе­на; оста­лось вы­звать MPI для за­пуска кли­ен­та FAH в син­хронизи­руе­мом ка­та­ло­ге, доступ к ко­то­ро­му име­ют оба наших уз­ла.

Что­бы за­пустить FAH в кла­сте­ре, вве­ди­те сле­дую­щую ко­ман­ду в ок­но тер­ми­на­ла:

mpirun -machinefile ~/machines -np 6 /tmp/node000-bccd/./fah6 -verbosity 9

Эта ко­ман­да про­сит MPI за­пустить­ся и за­гля­нуть в фай­лы machines для оп­ре­де­ления ак­тив­ных уз­лов. Ключ –np 6 со­об­ща­ет MPI, что ис­пол­няе­мая ко­ман­да долж­на ис­поль­зо­вать шесть про­цес­со­ров. Ка­та­лог /tmp – вре­мен­ный, он ис­поль­зу­ет­ся при син­хрониза­ции. Часть ./fah6 -verbosity – ис­пол­няе­мый файл, ко­то­рый за­пуска­ет FAH. На­жми­те Enter, и вы долж­ны уви­деть ок­но, по­ка­зан­ное на рис. 6.

[править] Кла­стер бла­го­деяний

Ну вот и все – по­здрав­ляю, вы толь­ко что соз­да­ли свой пер­вый су­пер­ком­пь­ю­тер, или кла­стер. И по­слу­жи­ли на бла­го лю­дям. Ес­ли вы жда­ли за­вы­вания си­рен и де­сантников в масках, вры­ваю­щихся в ком­на­ту че­рез ок­но – про­сти­те, что раз­оча­ро­вал. Щелк­нув пра­вой кноп­кой мы­ши на ра­бо­чем сто­ле ка­ж­до­го уз­ла, вы мо­же­те от­крыть ути­ли­ты X и в них Xload; так вы по­лу­чи­те ба­зо­вую ин­фор­ма­цию по за­груз­ке про­цес­со­ра.

Ес­ли вам понадобятся гра­фи­че­­ские кли­ен­ты для сбо­ра ста­ти­сти­ки, по­ищи­те са­ми и вы­бе­ри­те наилуч­ший для вас. Но для начала щелк­ните пра­вой кноп­кой мы­ши на ра­бо­чем сто­ле, вы­бе­ри­те Clustering [Кла­сте­ры] и за­тем XPVM. Кликните на Hosts [Хосты] и до­бавь­те дру­гой хост (node000 или node 009), за­тем кликните на Tasks > Spawn [За­дания > Раз­мно­жить] и в команд­ной стро­ке на­бе­ри­те:

/tmp/node000-bccd/fah6

По­смот­ри­те на раз­лич­ные пред­став­ления – они долж­ны дать вам приблизительное понятие о про­ис­хо­дящих там процессах.

Ос­таль­ное – за ва­ми: как да­ле­ко вы намерены зай­ти в этом про­ек­те? Есть ли у вас дру­гие ком­пь­ю­те­ры, ко­то­рые мож­но до­ба­вить в кла­стер? Что бы вы ни ре­ши­ли, помните, что здесь мы толь­ко косну­лись по­верх­но­сти, по­это­му дви­гай­тесь даль­ше и учреждай­те кла­сте­ры во славу Linux Format.

[править] Кла­стер по име­ни...

BCCD – не един­ст­вен­ная кла­стер­ная сис­те­ма. На по­ис­ки в се­ти мож­но по­тра­тить це­лый день, но что­бы вы не слиш­ком на­пря­га­ли гла­за, вот еще не­сколь­ко:

> Clusterknoppix

> Quantian

> Pelican HPC

> Parallel Knoppix

Од­ни кла­сте­ры луч­ше, дру­гие ху­же, но обя­за­тель­но прогуляйтесь на их сай­ты и убе­ди­тесь, что про­ек­ты еще жи­вы и раз­ви­ва­ют­ся.

[править] Рас­пре­де­лен­ные вы­чис­ле­ния

Ес­ли вам почeму-ли­бо не нра­вит­ся FAH или вы не со­глас­ны с ним, вот крат­кий спи­сок дру­гих все­мир­ных про­ек­тов па­рал­лель­ных вы­чис­ле­ний:

> SETI@Home – по­иск вне­зем­ных ци­ви­ли­за­ций с SETI.

> Docking@home – мо­дель до­кин­га (сты­ков­ки) мо­ле­кул бел­ка.

> GPUGRIP.net – про­во­дит пол­ное атом­но-мо­ле­ку­ляр­ное био­мо­де­ли­ро­ва­ние с кар­та­ми на ба­зе CUDA [раз­ра­бо­тан­ная ком­па­ни­ей NVIDIA про­грамм­но-ап­па­рат­ная ар­хи­тек­ту­ра, по­зво­ляю­щая про­из­во­дить вы­чис­ле­ния с при­ме­не­ни­ем гра­фи­че­ских про­цес­со­ров NVIDIA и тех­но­ло­гии GPGPU (про­из­воль­ных вы­чис­ле­ний на ви­део­кар­тах), – прим. пер.].

> Climateprediction.net – пред­при­ни­ма­ет по­пыт­ку су­зить об­ласть не­оп­ре­де­лен­но­сти кли­ма­ти­че­ских мо­де­лей.

> AQUA@home – ис­поль­зу­ет Quantum Monte Cairo для пред­ска­за­ния про­из­во­ди­тель­но­сти сверх­про­вод­ни­ко­вых адиа­ба­ти­че­ских кван­то­вых ком­пь­ю­те­ров. Кхе...

> Einstein@home – к со­жа­ле­нию, не мо­дель са­мо­го ге­ния в натуральную величину, а по­иск гра­ви­та­ци­он­ных волн.

Про­ек­тами буквально полнится Интернет – уве­рен, вам удастся най­ти что-нибудь для се­бя.|

Источник — «http://wiki.linuxformat.ru/wiki/index.php?title=LXF160:%D0%9A%D0%BB%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%B5%D1%80%D1%8B_Beowulf&oldid=18319»
Персональные инструменты
купить
подписаться
Яндекс.Метрика